Muchas de sus partículas más finas que necesitan ser removidas flotarán en agua salada, con el flujo adecuado irán al desbordamiento. Además, dicho sistema tendrá un equipo de limpieza (cangrejos, vainas, gusanos) para comer las partículas que no lleguen a la superficie. Para eso están. Si el sistema contiene coral, también debería tener un flujo pesado y aleatorio. Eso ayudaría a suspender las partículas para llegar al desbordamiento donde pueden ser filtradas. Los desbordamientos también ayudan a añadir oxígeno a la columna de agua por el propio flujo.
No mencionas si este sistema tiene un sustrato. Eso puede afectar al lugar de donde se extrae el agua. Especialmente dependiendo del tamaño de las partículas del sustrato.
Si tienes algo que extrae agua sólo de la parte inferior de la columna de agua, la superficie del agua no se limpia. Además, creo que debería haber algún tipo de filtro delante de la toma para evitar que los peces y demás bajen por el desagüe, lo que crearía otra cosa que mantener.
Muchos tanques construidos para agua salada tienen una capa delante del propio desbordamiento con tomas adicionales en el fondo para ayudar a extraer de toda la columna de agua.
Desintoxicar el agua puede hacerse de muchas maneras. Húmedo/seco, sumidero con un desnatador y filtros mecánicos, bio-bolas, roca viva, GFO, carbón, etc. Todo depende de lo que haya en el tanque. Si el tanque tiene SPS, es crítico que la PO4 se mantenga a un nivel más bajo de lo que se necesitaría con los peces solamente. Si el tanque tiene muchos peces grandes, como los tangs, la eliminación de caca es más crítica ya que son esencialmente fábricas de nitrato (a menos que te gusten las algas).
Este artículo trata sobre las capas superficiales y la agitación y por qué mejora la salud de tu acuario: http://www.advancedaquarist.com/2009/6/beginner